在最新颁布的中国地理资源领域高质量科技期刊分级目录中，《自然资源学报》作为综合评价中的重点期刊，分别在自然地理学领域108种期刊、人文地理学领域116种期刊和自然资源领域98种期刊中均位列T1区（T1级是指已经接近或具备国际一流期刊水平）。

　　自2019年以来，《自然资源学报》连续多次被评为“百种中国杰出学术期刊”（中信所），连续六届被评为“中国精品科技期刊”（中信所），多次被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”（中国知网），2024年被评为“中国最具国际影响力学术期刊”（中国知网）。

　　2006-2017年（除2012年、2014年）连续获得中国科协精品科技期刊项目资助，2021年度入选中国科协全国学会出版能力提升计划产业发展服务项目、2023年入选中国科协全国学会期刊出版能力提升计划高水平中文期刊培育项目，2024年12月入选中国科技期刊卓越行动计划二期中文领军期刊项目。

　　刊发的论文多次获奖，如入选“中国百篇最具影响国内学术论文”、被人大报刊转载和复印、入选自然资源部《国土空间规划探索集》《国土空间规划理论研究进展》论文集、获文旅部及社科联等省部级奖项、获中国科协期刊优秀学术论文奖等。