目前，对主体功能区划分中作为起点的禁止开发区的确定标准存在谬误：直接衔接现有保护区域，将资源价值、功能和保护需要不同的各类保护区域等同视之并忽视了我国各类保护区域在管理中存在的问题。从合理性和可行性角度分析，目前的保护区域既无必要也无可能都作为禁止开发区，即便其中保护要求相对较严的自然保护区亦然。建议在划分禁止开发区时细致考虑各类保护区域特点：或者重新拟定禁止开发区的确定标准，和其他功能区的划分一样通过一套指标体系来确定；或者理顺保护区域管理体系并解决保护区域在分类、土地权属和规模等方面的问题后，再将其与主体功能区划中的禁止开发区标准衔接。