在城市系统中改善与提高生态功能网络的连接对提升城市生态系统的功能及价值、限制城市格局蔓延具有重要意义。针对厦门市的城市化问题，运用熵值法综合评价不同景观类型的结构和功能对于城市生态功能流的影响，在GIS软件辅助下，利用最小耗费距离模型提取生态功能网络中廊道的最佳路径，最终通过网络结构分析确定生态功能网络的最优框架。研究结果表明，厦门市城市绿地空间分布不均，建成区内生态斑块质量不高，破碎程度较大，生态功能流无法形成良好的衔接，在今后的城市规划中，急需对城市生态功能网络的结构和功能进行优化。本研究的方法和结果可为城市生态功能网络研究的定量分析及网络的建设提供科学依据和参考。