2004年10月，利用世界自然基金会（WWF）提供的自然保护区管理快速评估和优先性确定方法（RAPPAM），对东北林区自然保护区的管理有效性和脆弱性进行评估。结果显示，东北林区自然保护区管理有效性总体水平不高，仅为55.5分。在各评估选项中，保护区规划较好（74分），资金投入（44分）和管理成效（52分）较差。目前保护区管理不足的方面依次是旅游管理、生境管理、科研监测、社区管理、基础设施和人员培训。各地区保护区管理有效性差异不显著，但不同保护区之间差异显著。综合管理有效性和脆弱性分析，需要优先建设和加强管理的保护区是鸭绿江上游、阿尔金山、大山、天佛指山等。